Създадената организация на лабораторната дейност в ПМДЛ гарантира високото качество чрез специализираната автоматизирана лабораторна информационна система iLab 3.1, разработена от инж. Михаил Калъчев, SKYWARE GROUP.

Чрез високата степен на автоматизация на процеса на регистриране на постъпващите материали за работа, съхранението и даването на резултатите, както и на вътрешно лабораторните дейности, се постига пълен контрол на целия процес от постъпването на заявката за работа до получаването на готовия резултат.

На всеки биологичен материал  (проба) се поставя етикет с уникален баркод, гарантиращ разпознаеваемостта на материала и верността на получените данни.

Лабораторията има изградена система за вътрешен лабораторен контрол върху всички извършвани проби, съобразена с изискванията за лабораторна практика и указанията на производителите на апаратура и диагностични реактиви.

Първа медикодиагностична лаборатория  участвува в Националната система за външна оценка на качеството, резултатите от което доказват високата степен на точност на изследванията.